كان هذا الجامع أصلاً قلعة من قلاع بيروت البحريّة، وبرجاً هاماً من أبراجها، وكانت هذه القلعة مشرفة على البحر وملاصقة له في باطن بيروت في محلة ميناء الخشب، وقد إستخدمت الأماكن الأرضيّة للقلعة مخازن للتجار، لا سيما تجّار الخشب، ويتصل هذا المسجد بنهاية سوق الطويلة المعروف.

أطلق على هذه القلعة بعد تحويلها إلى مسجد، إسم جامع المجيديّة أو الجامع المجيد نسبة إلى السلطان عبد المجيد 1839-1981م، الذي تحول في عهده من قلعة إلى جامع، حيث دفعت الحميّة المسلمين في بيروت، فارتأوا تعمير هذه القلعة وتحويلها إلى جامع، بمعيّة السلطان عبد المجيد، فجمعوا المال وعمّروا القسم الغربي، وقد سُمّي عام 1844م الجامع المجيدي، ثم جدد له بناء الصحن والسقف وفتح له باب يطل على جادة المرفأ، يصل المسجد بسلم حجري صخري، وهو مشرف أيضاً على البحر.

أضيف إلى هذا المسجد بعض الإضافات في عهد السلطان عبد الحميد الثاني، والذي جدد بناءه عام 1906م، على بابه القبلي (الجنوبي) ثبتت رخامة نقش عليه العبارة التالية:

((بسم الله الرحمن الرحيم - جامع المجيديّة سنة 1187 هجريّة، وتجدد في عهد المغفور له السلطان عبد المجيد العثماني سنة 1257 هجرية)).

في العام 1840م أطلقت الأساطيل الأوروبيّة المتحالفة: البريطانية / الروسيّة / النمساوية،

مدافعها على سور هذه القلعة قبل أن يتحول إلى جامع، وذلك في حصار الأساطيل لبيروت إبان حربها ضد الجيش المصري، وكانت آثار هذا القصف في أوئل القرن العشرين ظاهرة في الجدار الشمالي.

أوقف المسلمون في بيروت على هذا المسجد الكثير من الأوقاف، وكان متولي أوقافه الحاج عبد القادر بن مصطفى العيتاني، ثم من بعده الحاج أحمد بن عبد القادر العيتاني، وقد توارث آل العيتاني جيلاً بعد جيل الإشراف عليه، وكان عبد الله أحمد العيتاني مشرفاً عليه في سنوات قبل أحداث لبنان عام 1975م خلال الحرب الأهلية في لبنان هدم قسم كبير من الجامع وخاصة مأذنته، لكن بعد الحرب تطوع أحد أبناء الكويت بإعادة ترميمه وتجديد ، وإدخال التكييف الهوائي والماء البارد.

أما خطيب المسجد في القرن التاسع عشر الميلادي فقد كان الشيخ العلامة عبد الرحمن بن محمد الحوت البيروتي.